AI 设计出的蛋白质序列，最终要在物理世界中验证。分子动力学模拟是验证的"金标准"，但传统力场存在一个根本矛盾：能准确描述折叠蛋白的力场，往往搞不定天然无规蛋白（IDP）；能描述 IDP 的，又容易破坏结构蛋白的稳定性。
团队历时二十年，迭代开发出自主知识产权分子力场体系，实现了结构蛋白与 IDP 的统一高精度模拟。
ff03CMAP 在经典 ff03 力场基础上引入基于能量的矫正项，对短肽、IDP、结构蛋白及快速折叠蛋白的化学位移、J-耦合、序参数与 NMR 实验高度一致，优于同期所有力场。
BSFF2 针对 RNA 动态模拟开发，通过重加权非键参数与二面角格点能量校正，精确模拟四核苷酸、短单链、双链及突起等 RNA motif。成功捕获 r(G4C2) 重复元件链滑动机制，为渐冻症等神经退行性疾病研究提供新手段。
FB18CMAP 针对磷酸化修饰蛋白开发，修正磷酸化位点螺旋解旋与二面角势阱偏差，显著改进磷酸化结构蛋白与无规蛋白的构象采样。
这三个力场构成 AI 设计结果的底层物理引擎。GPDL 生成的骨架、GPD 设计的序列、PharmaPepGen 输出的多肽，都需要经过分子力场驱动的 MD 模拟进行能量评估与动态验证。没有高精度的力场，AI 设计只是纸上谈兵。
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